2018 yılında Akçaabat Sebatspor‘un liglerden çekilip kapanmasının ardından kulübün yaşatılması için Sebat Gençlikspor adıyla kuruldu. 2018-19 sezonunda ilk kez mücadele ettiği Trabzon 2. Amatör Ligi’nde şampiyon olarak 1. Amatör Lige yükseldi. 2019-20 sezonunda ise 1. Amatör Ligi Trabzon Erdoğduspor’un ardından 2. sırada bitirdi ve Bölgesel Amatör Lig için play-off oynamaya hak kazandı. Bölgesel Amatör Lig için oynadığı play-off turu Covid-19 pandemisi nedeniyle tamamlanamayan play-off turu TFF tarafından tescil edilmesinin ardından play-off grubunu da 2. sırada tamamladığı için tarihinde ilk kez Bölgesel Amatör Lig’e yükseldi.

3 sezon mücadele ettiği Bölgesel Amatör Lig’de 2022-23 sezonunda şampiyon olarak tarihinde ilk defa 3. Lig‘e yükseldi.^[1]

3. Ligde mücadele ettiği ilk sezonu 2. sırada tamamladı ve 2. Lig için play-off oynamaya hak kazandı. Oynadığı play-off 3. tur’da Muş 1984 Muşspor‘a elenerek 2. Lig’e yükselme şansını kaybetti.^[2]

2024-25 sezonunda ise 4. Grubu Mardin 1969 Spor‘un ardından aynı puan toplamasına rağmen 67 puan ile 2. sırada tamamladı ve yine oynadığı play-off 3. Tur’da Kahramanmaraş İstiklalspor‘a elenerek 2. Lige yükselemedi.^[3]

2025-26 sezonunda mücadele ettiği 3. Lig 3. Grup’ta 1926 Bulancakspor‘u 3-1 mağlup ederek ligin bitimine 2 hafta kala şampiyonluğunu ilan ederek tarihinde ilk kez 2. Lige yükseldi.^[4][5]