1947’de kurulan Erbaaspor, 1988-89 sezonuna gelindiğinde 3. Lig‘de mücadele etmeye başladı. 3. Lig 1. Grup’u 15. bitirerek amatör lige düştü. 1989-90 sezonunda amatör ligde mücadele eden Erbaaspor, ertesi sezon tekrardan 3. Lig’e yükseldi. Birkaç sezon boyunca 3. Lig’de mücadele eden Erbaaspor, 1995-96 sezonunda 3. Lig 5. Grup’u 13. tamamlayarak amatör lige düştü. 2010-11 sezonuna gelindiğinde BAL‘da mücadele eden Erbaaspor, play-out maçında Erbaa Güreş İhtisas’a 1-0 kaybetti ve amatör lige düştü. Erbaaspor, 2015-16 sezonunda tekrar BAL’da mücadele etmeye başladı. BAL 4. Grup’ta şampiyon olup Araklı Karaderespor ile oynadığı play-off maçını 1-0 kazanarak tekrar 3. Lig’e yükseldi. 2016-17 sezonunda 3. Lig 2. Grup’u şampiyon Bodrumspor’un gerisinde 2. sırada bitirerek play-offlar’a kalan Erbaaspor, yarı finalde Çatalcaspor‘u elemiş fakat finalde ise Silivrispor’a 1-0 yenildi.

2018-19 sezonunda 3. Lig 1. Grup’ta yer alan Erbaaspor, Kenan Öztürk ile başladığı sezonda 3. haftanın ardından Enver Şen, 14. haftanın ardından Ferhat Temoçin yönetiminde ligde mücadele etti. 32 maçta 9 galibiyet, 13 beraberlik ve 10 mağlubiyet aldı. 40 puan toplayarak grubunu 8. tamamladı.

2023-24 sezonunda 3. Lig 3. Grup’u şampiyon Karaköprü Belediyespor‘un 3 puan gerisinde ve 2. sırada tamamlayarak play-offlar’a kalan Erbaaspor, grup finalinde Belediye Kütahyaspor‘u eleyerek 3. Lig play-off finaline kalarak Muşspor ile eşleşti. 26 Mayıs 2024 tarihinde Yeni Eskişehir Stadyumu’nda oynanan final maçını normal süresi ve uzatma devreleri 1-1 tamamlansa da penaltılar ile kazanarak tarihinde ilk kez 2. Lig‘e yükseldi.