24 Mart 1967 tarihinde Merkez Gençlik, Güvenspor ve Harputspor kulüplerinin birleşmesiyle Elazığ‘da kuruldu. 3. Lig’de 1974-75, 1982-83 (amatörken), 1985-86, 1989-90 ve 1994-95 sezonlarında şampiyon olarak 2. Lig’e yükselmiştir. 1995-96 sezonunda klasman birincisi olarak ‘Ekstra Play-off’ müsabakalarında mücadele etmiştir. 1997-98, 1998-99, 2000-01 sezonlarında play-off gruplarında yer almış fakat Süper Lig‘e yükselememiştir. 2001-02 sezonunda 1. Lig’de şampiyon olarak Süper Lig’e yükselen kulüp 2 sezon bu ligde mücadele etmiştir. 2003-04 sezonunda Süper Lig’den düşmüştür. 4 sene 1. Lig’de mücadele eden Sanica Boru Elazığspor, 2007-08 sezonunda bu ligden de düşmüştür. 2010-11 sezonunda 2. Lig Kırmızı Grup’u lider bitirerek 1. Lig’e yükselmiştir. 2011-12 sezonunda da 1. Lig’de 2. olarak Süper Lig’e yeniden yükselmiştir.

2011-12 sezonunda Akın Şatıroğlu başkanlığındaki yönetim kurulu sezon ortasında istifa etmiştir. 76 üyenin tamamının oylarını toplayarak başkanlığa Selçuk Cengiz Öztürk seçilmiştir. Yine sezon ortasında teknik direktör Hüsnü Özkara ile karşılıklı anlaşarak sözleşme feshedilmiştir. 29 Mart 2012 tarihinde Bülent Uygun ile anlaşılmıştır.

Ocak 2019’da Türkiye Futbol Federasyonu‘nun kulübe uyguladığı transfer yasağının sona ermesi için yapılan müzakerelerin sonuç bulmasının ardından, 30 Ocak’ta 2 saat gibi kısa bir sürede 22 oyuncuyla sözleşme imzalandı. Bu denli kısa sürede bu kadar çok transfer yapan Elazığspor, Guinness Rekorlar Kitabı‘na girdi.^{[kaynak belirtilmeli]}

Kulüp 2020 Elazığ Depremi yüzünden 2019-20 2. Lig‘den çekilmiş fakat TFF’nin aldığı karar doğrultusunda 2020-21 2. Lig sezonunda oynamasına karar vermiştir. Elazığspor tüm maçlarda hükmen yenik sayılmıştır.

Başkan Selçuk Cengiz Öztürk’ün 6 Ağustos 2021’de istifa etmesinin ardından, 15 Ağustos’ta gerçekleştirilen olağanüstü genel kurul toplantısındaki başkanlık seçiminde Serkan Çayır, kulübün yeni başkanı seçilmiştir.

2024 yılı Ocak ayında FIFA’dan yapılan açıklamada kulübe transfer yasağı getirildi.^[2]

2023-2024 Sezonu 3. Lig 2. Grup Play-Off final turunda 52 Orduspor ile karşılaşan bordo beyazlı ekip, karşılaşmayı 3-0 kazanarak 2. Lige yükseldi.^[3]

Bordo beyazlı ekipte şampiyonluğun ardından başkan Çayır, yeniden başkan adayı olmayacağını açıkladı.^[4] 30 Haziran 2024 tarihinde gerçekleşen Olağan Mali ve Olağanüstü Genel Kurul’da Ahmet Fethi Yılmaz, Elazığspor Kulübü’nün yeni başkanı seçildi.^[5]